עד לפני כ-30 שנים לא היו התמחויות בוטרינריה, אך כיום ניתן לתרגל התמחויות קשות ומגוונות בכל ענפי הרפואה הוטרינרית וכך ליצור מעגל מומחים שנותן מענה לכל מצב בתחום וטרינרי ספציפי ואשר תומך מקצועית בוטרינרים האחרים.
ההתמחויות השונות בוטרינריה בקבוצת החיות קטנות כוללות: רפואה פנימית, כירורגיה (כולל אורטופדיה), נוירולוגיה (מחלות עצבים), אופטלמולוגיה (מחלות עיניים), אונקולוגיה (סרטן), רפואת חירום, הדמיה, קרדיולוגיה, פוריות, חיות אקזוטיות ועוד.
הסיבות העיקריות להפניה למומחה משתנות מרופא לרופא. בתור איש מקצוע הדבר החשוב ביותר בעיניי הוא יושר אישי ומקצועי וכן טובת בעל החיים. ישנם מיקרים כאשר וטרינר אינו מסוגל (או מסוגל אבל לא בצורה מספיק מקצועית) לטפל בחיה, לדוגמא: שבר פתוח שדורש אורטופד מומחה וציוד מתאים. בעבר הוטרינר הקבוע שלנו היה מטפל לבדו בצורה זו או אחרת עם תוצאות פחות טובות מאשר מומחה מתאים.
אבחון או טיפול שיכלו להסתיים בזמן קצר יחסית, עלולים להתארך עד מאוד ולגרום לסבל מיותר לחיה ולבעליה. החוק שאמור להנחות צריך להיות- "מהו הדבר הטוב ביותר לחיה" ולא רעיונות אחרים כמו" מה הכי משתלם לכיס שלי" או "האם הלקוח יחזור לטיפולים נוספים אצלי בעתיד". לא כל אחד מסוגל או רוצה לחשוב בצורה שכזאת, אך אדם ישר וערכי יכול!
ישנם מספר מקומות בישראל שאיגדו לתוכן צוות מומחים ואלו מהווים מרכזים מקצועיים להפניה.