מטרתה העיקרית של אגודת צער בעלי חיים בישראל הנה לפעול למניעת סבל מבעלי חיים נטושים ולא רצויים. באגודה שואפים לקבל את כל בעלי החיים המופנים אליה. האגודת שותפה במאבק כנגד התאכזרויות לבעלי חיים ובעיקר למאבקים נגד ניסויים בבעל חיים: תעשיית הפרוות, פיטום אווזים, בעלי חיים בקרקס והרעלות בעלי חיים, תעשיית הבשר ועוד.
עוד האגודה פועלת לעידוד האוכלוסייה בארץ לביצוע ניתוחי עיקור וסירוס של חיות מחמד הגדלות בבתים על מנת למנוע את ריבוי היתר של בעלי חיים לא רצויים. האגודה מעודדת ככל האפשר לאימוץ חיות מחמד ומדגישה את חשיבות האימוץ בכל דרך אפשרית. מטרה נוספת של האגודה הינה חינוך הדור הצעיר והקהילה כולה, להבנה וטיפול בבע"ח והאחריות בגידולם.